Et af de vigtigste emner i græsk udenrigspolitik er forholdet til Tyrkiet. Den århundredgamle fjendtlighed har flere gange i de seneste årtier været tæt på at forårsage krig, først og fremmest på grund af krisen på Cypern og uenighed om grænsedragninger i det Ægæiske Hav. I 1999 begyndte de to lande dog at nærme sig hinanden, men der er mange uløste problemer.
Konflikten om retten til dele af det Ægæiske Hav har stået på i det meste af 1900-tallet. Begge sider henviser til forskellige aftaler og påberåber sig rettighederne til de omstridte øer. Så sent som i 1996 var der risiko for væbnet konflikt, da græske soldater blev sat i land på en lille omstridt klippeø for at nedtage et tyrkisk flag. Begge parter sendte krigsskibe til området, men krisen blev løst efter amerikansk mægling.
Da græsk militær i et kupforsøg i 19744 forsøgte at tage magten over Cypern, invaderede Tyrkiet territoriet for at beskytte de tyrkisk-talende indbyggere. Øen blev delt, og siden har de to NATO-lande befundet sig i en tilstand af konstant konfrontation over
Cypernspørgsmålet.
Situationen spidsede til efter 1990, da Grækenland gav sin støtte til den græsk-cypriotiske ansøgning om medlemskab af EF. Regeringen i Ankara protesterede og truede med at indlemme Nordcypern i Tyrkiet. I 1997 kom det til en ny krise, da den græsk-cypriotiske regering besluttede at købe russiske luftværnsmissiler, der i givet fald ville kunne nå mål i Tyrkiet. Tyrkiet truede med militær invasion af Cyperns græske del for at forhindre en anbringelse af missilerne. Til sidst tog Grækenland affære, og missilerne blev placeret på Kreta i stedet for.
I 1999 blev det anstrengte forhold udsat for nyt pres, da den eftersøgte kurderleder Abdullah Öcalan holdt sig skjult på den græske ambassade i Kenya på flugt fra den tyrkiske sikkerhedstjeneste. Han blev til sidst pågrebet og ført til Tyrkiet. Efter Öcalan-affæren udrensede ministerpræsident Simitis de ansvarlige fra den græske sikkerhedstjeneste og fyrede sin udenrigsminister. Samme efterår tog Simitis initiativ til samtaler med Tyrkiet om andre emner, og kort efter erklærede den græske regering, at den ikke længere modsatte sig et tyrkisk EU-medlemskab. Den tyrkiske regering gik til gengæld med til, at tvisten om øerne i det Ægæiske Hav bliver afgjort ved den Internationale Domstol i Haag, hvis landene ikke selv kan nå frem til en løsning.
Grækenland og Tyrkiet hjalp også hinanden med redningsarbejdet efter voldsomme jordskælv begge steder i 1999, hvilket bidrog til afspændingen mellem landene.
I starten af 2000 foretog Giorgios Papandreou det første officielle besøg af en græsk udenrigsminister til Tyrkiet i 40 år. De to lande blev enige om at indlede en militær afspænding i det Ægæiske hav og deltog siden i en fælles NATO-øvelse ved den græske kyst. Cypern-spørgsmålet er dog endnu ikke løst. Øen er stadig delt, efter at græsk-cyprioterne i april 2004 stemte nej til en genforening, og EUs regler og love gælder således kun på Sydcypern, selvom hele øen formelt blev medlem af unionen 1. maj 2004.
Da den tidligere jugoslaviske delrepublik Makedonien erklærede sig selvstændig i begyndelsen af 1990erne, nægtede Grækenland at anerkende den nye stat. Grækerne henviste til, at navnet Makedonien er en d el af den græske kulturarv ligesom den 16-takkede stjerne, makedonerne havde valgt som symbol i deres nationalflag. Grækenland protesterede også mod formuleringer i Makedoniens forfatning, der kunne tolkes som territoriale krav på den nordgræske landsdel Makedonien, selvom Makedonien i et tillæg til forfatningen udtrykkeligt afstår fra “territorial stræben”. I 1994 indførte Athen økonomisk blokade mod Makedonien, en blokade, der ramte det kystløse lands handel med omverdenen hårdt. Blokaden blev ophævet i november 1995, da Makedonien ændrede flaget. Siden er forholdet blevet bedre, og der er stigende samhandel mellem de to naboer.
Forholdet til Albanien har også været anstrengt på grund af albanernes behandling af det græsktalende mindretal i landet. Situationen spidsede til, da de albanske grækeres parti Omonia blev forbudt forud for det albanske valg i 1992. Yderligtgående græske nationalisters krav om, at dele af det sydlige Albanien skal indlemmes i Grækenland, har også bidraget til at øge spændingen. Da græske nationalister i 1993 blev idømt fængselsstraffe i Albanien, førte det til masseudvisning fra Grækenland af albanske økonomiske flygtninge. Men i 1996 underskrev de to lande en samarbejds- og venskabsaftale, og to år efter fik flere hundrede tusinde illegale albanske indvandrere i Grækenland udstedt midlertidige arbejds- og opholdstilladelser.
Grækenland har et kompliceret forhold til USA. USAs passive holdning til militærjuntaen i diktaturtiden (1967-74) bidrog til stærke antiamerikanske strømninger i den græske befolkning, der til en vis grad lever videre blandt indbyggerne.
Under krigen i det tidligere Jugoslavien i første halvdel af 1990erne var Grækenland et af de få lande, der havde et godt forhold til Serbien. Grækerne var fortalere for en ophævelse af FN-embargoen mod Serbien og Montenegro, delvis for at opveje den tyrkiske støtte til muslimerne i Bosnien. Da NATO i 1999 greb ind militært over for Serbien og Montenegro for at beskytte albanerne i Kosovo, støttede den græske opinion serberne.
Ved FNs krigsforbryderdomstol for det tidligere Jugoslavien i Haag er det under retssagen mod Slobodan Milosevic kommet frem, at den tidligere serbiske leder havde ejendomme i Grækenland, og at græske selskaber leverede olie til det tidligere Jugoslavien og derved overtrådte FN-embargoen. Statslige græske selskaber skal også have sendt udstyr til den bosnisk-serbiske hær.
Grækenland har siden 1985 skåret i forsvarsudgifterne i lighed med de fleste andre NATO-lande. Der er dog stadig græske soldater på Cypern og i FN-tjeneste, bl.a. i Bosnien.